Selv om det ikke var uventet, var det allikevel et sjokk for Nygaard at Norge ble okkupert av Tyskland 9. april 1940. Men han fikk gjøre sin krigsinnsats som lege for norske sjømenn under 2. verdenskrig. Den norske handelsflåten besto av 1000 skip og 25.000 menn og fikk oppgaver med å frakte varer og krigsutstyr mellom de allierte landene.

New York ble den største konvoihavnebyen i verden og mange sjømenn som kom hadde behov for medisinsk behandling. Det ble opprettet en norsk helseklinikk med Nygaard som kirurgisk konsulent. Her foretok han mindre polikliniske inngrep, mens vanskeligere tilfeller måtte overføres til White Plains Hospital.  På travle dager kunne klinikken ha 250-300 pasienter. 

Nygaard overtalte ledelsen ved White Plains Hospital til å opprette en egen avdeling for norske sjømenn på sykehuset, med 35 senger, spøkefullt kalt "Grand Hotell" av Nygaard selv.  Han ble tilkalt til alle døgnets tider og arbeidsdagen kunne ofte bli på både 16 og 18 timer. Han ga sjømennene en behandling og omsorg som gikk langt utover å lege de fysiske plagene. Han behandlet dem som hele mennesker, slik han hadde lært ved Mayo-klinikken.

I arbeidet for sjømennene bidro også Nygaards kone, Ella Nygaard. Hun ble som en "mor" for mange og hennes tilstedeværelse hadde en beroligende virkning. Hun fikk bygd opp et norsk bibliotek ved avdelingen, bisto sjømennene med praktisk hjelp og ikke minst fikk hun opprettet og organisert besøksgrupper.

Både Kaare og Ella fikk påskjønnelse for sitt arbeid etter krigen. Kaare Nygaard ble utnevnt til Ridder av St. Olavs Orden, 1. klasse, og ved samme anledning ble Ella Nygaard og White Plains Hospital overrakt takkediplom fra Norges konge.

dagmar buen - mars 2006